Alrededor de 400 personas -de un total de unos 15.000, están siendo trasladados en autobús a Jartum, desde donde serán trasladados en avión hasta Juba, la capital de Sudán del Sur.
El mes pasado, los habitantes del campamento fueron declarados una amenaza para la seguridad por parte de las autoridades.
Se les dio un plazo para abandonar el país, que más tarde fue abandonado.
Los sudaneses del sur perdieron sus derechos a la nacionalidad sudanesa después de que el sur se separara del norte el año pasado.
Con información de la BBC